Portrait of Lukas Hübner Lukas Hübner

M.Sc. Lukas Hübner

Forschungsschwerpunkte

  

  • Succincte Bäume in der Populationsgenetik
  • Fehlertoleranz in HPC-Algorithmen: Skalierbare Wiederherstellung von Daten
  • Inferenz Phylogenetischer Bäume
  • Fehlertolerantes MapReduce
  • Fehlertoleranz ohne Checkpoints und verlustbehaftete Checkpointkompression
  • Judicious Hypergraphpartitionierung

Software

  • Fault-Tolerant RAxML-NG (FT-RAxML-NG) Fehlertolerante Version des bekannten RAxML-NG Tool für Phylogenetische Inferenz
  • ReStore (in-memory REplicated STORagE for rapid recovery in fault-tolerant algorithms)
  • Coraxlib (COre RAXml LIBrary) kapselt Funktionalität für Likelihood-basierte Phylogenetische Software

Publikationen


Scalable discrete algorithms for big data applications
Hespe, D.; Hübner, L.; Hübschle-Schneider, L.; Sanders, P.; Schreiber, D.
2023. High Performance Computing in Science and Engineering ’21 – Transactions of the High Performance Computing Center, Stuttgart (HLRS) 2021. Ed.: W. Nagel, 439–449, Springer International Publishing. doi:10.1007/978-3-031-17937-2_27
ReStore: In-Memory REplicated STORagE for Rapid Recovery in Fault-Tolerant Algorithms
Hübner, L.; Hespe, D.; Sanders, P.; Stamatakis, A.
2022. 2022 IEEE/ACM 12th Workshop on Fault Tolerance for HPC at eXtreme Scale (FTXS), Dallas, TX, USA, 13-18 November 2022, 24–35, Institute of Electrical and Electronics Engineers (IEEE). doi:10.1109/FTXS56515.2022.00008VolltextVolltext der Publikation als PDF-Dokument
Phylogenetic Analysis of SARS-CoV-2 Data Is Difficult
Morel, B.; Barbera, P.; Czech, L.; Bettisworth, B.; Hübner, L.; Lutteropp, S.; Serdari, D.; Kostaki, E.-G.; Mamais, I.; Kozlov, A. M.; Pavlidis, P.; Paraskevis, D.; Stamatakis, A.
2021. Molecular biology and evolution, 38 (5), 1777–1791. doi:10.1093/molbev/msaa314VolltextVolltext der Publikation als PDF-Dokument
Data Distribution for Phylogenetic Inference with Site Repeats via Judicious Hypergraph Partitioning
Baar, I.; Hübner, L.; Oettig, P.; Zapletal, A.; Schlag, S.; Stamatakis, A.; Morel, B.
2019. IEEE International Parallel and Distributed Processing Symposium Workshops (IPDPSW), Rio de Janeiro, Brazil, Brazil, 20-24 May 2019, 175–184, Institute of Electrical and Electronics Engineers (IEEE). doi:10.1109/IPDPSW.2019.00038
Technical Reports
Title Author(s) Source Date

Lukas Hübner, Demian Hespe, Peter Sanders, Alexandros Stamatakis

arXiv:2203.01107

Januar 2023

Julia Haag, Lukas Hübner, Alexey M. Kozlov, Alexandros Stamatakis

bioRxiv 2022.07.13.499893

Juli 2022

Lukas Hübner, Alexey M. Kozlov, Demian Hespe, Peter Sanders, Alexandros Stamatakis

bioRxiv 2021.01.15.426773

Januar 2021

Benoit Morel, Pierre Barbera, Lucas Czech, Ben Bettisworth, Lukas Hübner, Sarah Lutteropp, Dora Serdari, Evangelia-Georgia Kostaki, Ioannis Mamais, Alexey M. Kozlov, Pavlos Pavlidis, Dimitrios Paraskevis, Alexandros Stamatakis

bioRxiv 2020.08.05.239046

August 2020

Ivo Baar, Lukas Hübner, Peter Oettig, Adrian Zapletal, Sebastian Schlag, Alexandros Stamatakis, Benoit Morel

bioRxiv 579318

März 2019
Präsentationen
Titel Tagung Autoren Referent

Biodiversity Bioinformatics Workshop 2023

Lukas Hübner

Lukas Hübner

Fault-Tolerance at eXtreme Scale (FTXS) 2022

Lukas Hübner, Demian Hespe, Peter Sanders, Alexandros Stamatakis

Lukas Hübner

Lehre

Vorlesungen, Seminare, Praktika,
Titel Typ Semester Ort
Praktikum (P) SS 2021
Vorlesung (V) WS 21/22

Geb. 50.34, Hörsaal -101

Vorlesung (V) WS 22/23

Geb. 50.34, Hörsaal -101

Verfügbare Abschlussarbeiten
Titel Forschungsthema Typ
Fault-Tolerance, Map Reduce, HPC Masterarbeit
Malleability, HPC Masterarbeit
Betreute Abschlussarbeiten
Titel Forschungsthema Betreuung Bearbeitung
Fault-Tolerance, Reproducibility

Lukas Hübner, Alexandros Stamatakis, Peter Sanders

Christoph Stelz

Phylogenetic Inference

Lukas Hübner, Alexandros Stamatakis

Julia Haag

Fehlertoleranz

Demian Hespe, Lukas Hübner, Peter Sanders

Charel Mercatoris